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目的:尽管EGFR酪氨酸激酶抑制剂在EGFR突变的非小细胞肺癌中的作用已经确立,但不可避免地会产生耐药性,治疗方案很少,尤其是在EGFRT790M阴性耐药的NSCLC中。
实验设计:我们对59例第一代和第二代EGFRTKI耐药的转移性非小细胞肺癌患者进行了全外显子组和转录组分析,以表征和比较T790M阳性和阴性疾病中介导耐药性的分子改变。
结果:转录分析显示,在T790M肿瘤中,腺癌家族基因的表达普遍缺失,多重免疫组化的正交分析证实了这一点。
T790M-肿瘤具有丰富的基因组特征,如TP53突变、3Q染色体扩增、全基因组倍增和非老化突变特征。
几乎一半的耐药肿瘤被进一步归类为免疫性肿瘤,临床结果取决于免疫细胞浸润状态和T790M状态。
最后,使用贝叶斯统计方法,我们探索了如何使用综合的基因组和转录图谱来预测T790M-和T790M+疾病。
在非小细胞肺癌中,激活EGFR基因的驱动突变代表了最常见的可操作的治疗改变。
EGFR酪氨酸激酶抑制剂是晚期或转移性EGFR突变非小细胞肺癌一线治疗的标准药物。
先期治疗模式包括第一代、第二代或第三代EGFRTKI,单独或与其他疗法联合使用。
然而,尽管应答率高达80%,但在中位数10至17个月后不可避免地会出现耐药性。
最近的试验表明,与1GEGFRTKI相比,预先联合铂双联化疗和EGFRTKI、联合抗血管生成剂和EGFRTKI以及单独使用或Osimertinib可改善疗效。
一项观察性研究还表明,在Osimertinib之后使用afatinib的序贯治疗策略可能会改善相当大比例的患者的结果。
重要的是,一线Osimertinib在许多国家仍然没有得到报销,而且Osimertinib缺乏成本效益已经在许多不同的医疗系统中得到证明,包括美国。
综上所述,这说明EGFR突变的非小细胞肺癌的治疗选择和排序越来越复杂,关于最佳一线治疗的争论还在继续。
最终,结合临床和分子特征改进患者选择将是优化治疗策略的关键。
对1G和2GEGFRTKI耐药的最常见机制是EGFRT790M“看门”
突变,它出现在50%到60%的患者中。
Osimertinib对T790M具有高选择性,最初被开发并被批准用于治疗T790M阳性耐药性。
其余患者以及接受3GEGFRTKI治疗的患者的耐药机制被认为是多样化的,包括旁路信号通路的激活,如MET或HER2扩增,罕见的通过小细胞转化或上皮-间充质转化的表型改变,以及其他致癌驱动因素的改变,如BRAF,KRAS和RET,或EGFRC797S突变。
总体而言,T790M阴性EGFRTKI耐药仍然是一个有重大医疗需求的患者群体。
目前的治疗选择主要局限于细胞毒性化疗,免疫检查点抑制剂的反应率较低。
尽管上述先前的研究已经确定了与抗药性有关的假定的基因组改变,但这些方法在很大程度上局限于利用靶向面板进行基因组图谱分析,或者在没有伴随基因组分析的情况下进行转录图谱分析。
重要的是,在抗性发生时,缺乏无偏移和完整的分子图谱研究,用于联合描述支撑抗性状态的基因组和转录特征。
在这里,通过对59例1G2GTKI耐药的EGFR突变的NSCLC患者的全外显子组和转录组的分析,我们首次提出了EGFRTKI耐药的基因组和转录综合描述。
我们首先分析了特定的基因改变与耐药性发生反复相关的程度,重新评估了先前报道的许多EGFRT790M突变以外的遗传耐药性机制的统计证据。
通过对T790M+和T790M队列的进一步对比,我们描绘了这两种不同抗性状态背后的基因组和转录改变。
值得注意的是,这在T790M病例中显示了频繁和广泛的去分化和谱系可塑性。
此外,我们探索了EGFRTKI耐药的免疫格局,显示许多T790M样本是“热”
肿瘤,在一线EGFRTKI上进展时间较短,这表明在这组EGFRTKI耐药肿瘤中,免疫微环境具有靶向和调节作用。
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